نشأت جامعة الإمام جعفر الصادق (ع)/ فرع المثنى عام 2009م، وقد أسست وفق قانون الكليات والجامعات الأهلية في العراق، رقم (13) لسنة 1996م المعدل، وذلك باسم مؤسسة دار الإسلام الثقافية الخيرية، باعتبارها الجهة المعتمدة والمسؤولة عن رعاية هذه الجامعة وإدارة شؤونها حسب القانون.

وبناء على ذلك تم الإعتراف بالجامعة من قبل وزارة التعليم العالي والبحث العلمي في 2017/5/30 بكتابها المرقم ت هـ / ك 3851 .

 وأنطلقت تؤدي رسالتها ببضع مئات من الطلبة والطالبات، واليوم وبعد عشر سنوات من العمل الجاد، والجهد المتواصل.

ومما يؤكد تطور العملية التعليمية في الجامعة، هو أنها بدأت تقطف ثمار ما غرسته سريعا، فقد عاد طلبتها الذين تخرجوا فيها ليصبحوا مدرسين فيها بعد أن أكملوا دراساتهم العليا (الماجستير) وتفوقهم على أقرانهم من الجامعات الأخرى، ليتطلعوا نحو البناء والتقدم، ويساهموا في رسم آفاق المستقبل للجامعة.